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Schwarzenborn gehörte seit dem Spätmittelalter zur Grafschaft Manderscheid und wurde bis zu ihrem Aussterben im Jahre 1762 von der Linie Manderscheid-Kail regiert, die im nahen Oberkail eine Burg besaß; danach fiel die Herrschaft an die Linie Manderscheid-Blankenheim, bis das linksrheinische Gebiet 1794 französisch wurde. 1814 kam Schwarzenborn zu Preußen, das den Ort über die Bürgermeisterei Oberkail verwaltete. Die Kirche von Oberkail diente den Schwarzenbornen auch als Pfarrgemeinde, aber auch das Kloster Himmerod, rund 3 km südöstlich, prägte die Gegend.
1296, am 12. Juni, wird das Dorf
Schwarzenborn erstmals erwähnt, als der Ritter Wilhelm von Manderscheid seinen Wald „Kammerforst“ an das Kloster Himmerod verkaufte. Dieser
Erwerb des Klosters bei „Schwartzenburne“ wurde am 04.01.1310 von König
Heinrich bestätigt. Das Dorf dürfte jedoch viel älter sein, worauf vorgeschichtliche Funde
(Steinwerkzeuge) und Grabhügel hindeuten.
Schwarzenborn liegt an der alten „Weinstraße“, die früher einmal die kürzeste Verbindung zwischen Trier und Köln darstellte. In Schwarzenborn hat es seit alters her an dieser Straße im „Nisenhaus“ eine
Herberge mit Brauerei gegeben, in der noch bis etwa 1900 Bier gebraut wurde.
Das Dorf Schwarzenborn gehörte bis zum Einmarsch der französischen Revolutionstruppen im Jahre 1794 stets zur Grafschaft Kayl im Herzogtum
Luxemburg. Die bis 1794 der Grundherrschaft Kayl zinspflichtigen Erbhöfe in Schwarzenborn
waren sogenannte, unteilbare „Stock-, Schafft- oder Vogteigüter“, die erblich stets
nur an einen Sohn oder an eine Tochter des Stockinhabers übergingen.
1795 wurde bei einer Verwaltungsreform für die damals französisch besetzten
Gebiete Schwarzenborn nebst des rechts der Salm gelegenen Überscheid des Dorfes Eisenschmitt der Marie (Bürgermeisterei) Oberkail im Kanton Dudeldorf
zugeteilt. In der darauf folgenden preußischen Zeit blieb Schwarzenborn weiterhin ein Teil
des Bürgermeisteramtsbezirkes Oberkail.